在内分泌失调性不孕中，所占患者比例较大的，就是不排卵症，也就是排卵障碍。一般情况下，正常的排卵周期建立都是以下丘脑至垂体至卵巢性腺轴激素的正常分泌状况为前提。而一旦情绪失控或者新陈代谢功能絮乱，造成内分泌失调，就会造成性腺激素轴功能异常，从而导致了排卵障碍。通常引起排卵障碍的原因有：
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一、下丘脑功能性障碍与器质性障碍
功能性障碍包括了各种月经失调，闭经，功能性高催乳素血症和神经性厌食症等;而器质性障碍就是脑部肿瘤、脑炎等创伤。
二、垂体功能障碍
如垂体肿瘤、席汉综合症和结核或梅毒肉芽肿等。
三、卵巢原发性闭经和继发性闭经
包括特纳症候群在内，连同卵巢早衰、炎症等。
正常的排卵周期建立需要下丘脑至垂体至卵巢性腺轴激素的正常分泌状况。如果其中任何一个部位功能障碍都可能导致排卵障碍的发生，从而导致内分泌失调性不孕。
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